Adobe InDesign と Adobe Acrobat はどちらも Adobe PDF ファイル内のレイヤーの表示と非表示を切り換える機能を備えています。 Illustrator でレイヤー化された PDF ファイルを保存すると、様々な場面でアートワークを使用できるようになります。 例えば、多言語の出版物の場合、同じアートワークを複数バージョン作成しなくても、すべての言語のテキストを含む PDF ファイルを 1 つ作成することができます。

PDF/X（Portable Document Format Exchange）とは、印刷上の問題となるカラー、フォントおよびトラッピング変数の多くを削除し、印刷業務用のためのグラフィックコンテンツ交換用の（CMYK データ間の完全交換が規定されている）ISO 標準規格です。 Illustrator は、PDF/X‑1a（CMYK ワークフロー用）、 PDF/X-3（カラーマネジメントワークフロー用）および PDF/X-4（分割・統合ではなくライブとして透明性を保持するためのサポートが追加されたカラーマネジメントワークフロー用）をサポートしています。

PDF/X 準拠ファイルは、PDF ファイルの保存時に作成できます。